В резултат на археологическите разкопки, започнали в Бергама през 1878 г. под ръководството на Карл Хуман и Александър Конце, е построен депо-музей в близост до Германската къща за разкопки днес по време на разкопките, направени в акропола между годините 1900 – 1913 г. Това депо е едно от двете депа за археологически опус, съществували в Турция по това време. Разкопките в Бергама, които бяха прекъснати поради Първата световна война, бяха възобновени под ръководството на Теодор Виганд. През същата година, със започването на разкопките в Асклепион, в допълнение към разкопките на акропола, броят на опусите се увеличава и е необходима нова музейна сграда.
Маршал Февзи Чакмак, който идва в Бергама през 1932 г., се интересува отблизо от проблема и нарежда основаването на нов музей след посещението си. За новата сграда, която се планираше да бъде изградена с турско-германско сътрудничество, днешното местоположение, което е старо гробище, се намери за подходящо. Проектът, изготвен от архитектите Бруно Майер и Харолд Хансън, е завършен в края на 1932 г., а работите по изкопаването на основата са започнали през 1933 г. с официалното искане на губернатора на Измир, Казим Дирик. Мустафа Кемал Ататюрк, който посети Асклепийон, който беше здравен център, по време на посещението си в Бергама на 13 април 1934 г., видя, че строителството на сградата на музея продължава.
Музеят в Бергама, чиято конструкция е завършена, е открит за посещение на 30 октомври 1936 г. от губернатора на Измир Фазли Гюлеч. Сградата на музея се състоеше от голям правоъгълен двор, заобиколен с галерии, и правоъгълна изложбена зала зад този двор. Тъй като галериите на двора бяха подходящи за музей на открито, опусите бяха изложени там. Когато Музеят на етнографията и археологията е пуснат в експлоатация в сградата на Bergama Public House през 1924 г., археологическите произведения са пренесени в новата сграда на музея. Етнографските произведения са пренесени в днешната сграда на музея през 1979 г. след построяването на допълнителната сграда. Допълнителната постройка е с правоъгълен план, поставена встрани от частта, в която се намира дворът и изложбената зала, като входът й се осъществява чрез врата, отваряща се от двора към залата. Единици като депо, лаборатория, стая за снимки, архив са добавени към другата страна на музея, която беше оставена празна, и към задната му част.
Повечето от археологическите произведения в музея, които принадлежат към различни периоди от ранната бронзова епоха до византийския период, са открити при разкопки, направени в Бергама и околностите му. Сред находките, открити в архаичните жилища наоколо, вниманието привличат образци, принадлежащи към скулптурната школа на Пергфамон, находки от архаичния период, идващи от Питане и Гринейон, теракота от Мирина. В етнографския раздел са изложени килими, килими от региона (Yuntdağ, Yağcıbedir, Kozak, Bergama тъкани), образци за тъкане на платове, ръчно изработени произведения и други ръчно изработени творби, принадлежащи на други региони на Анадола
