O ganlyniad i'r cloddiadau archeolegol a ddechreuodd yn Bergama ym 1878 o dan gyfarwyddyd Carl Humman ac Alexander Conze, mae amgueddfa ddepo wedi'i hadeiladu ger Tŷ Cloddio'r Almaen heddiw yn ystod y gwaith cloddio a wnaed yn yr acropolis rhwng 1900 - 1913. Mae'r depo hwn yn un o'r ddau ddepo opws archeolegol a oedd yn bodoli yn Nhwrci bryd hynny. Ailddechreuwyd y cloddiadau yn Bergama, yr amharwyd arnynt oherwydd y Rhyfel Byd 1af, o dan gyfarwyddyd Theodor Wiegand. Yn yr un flwyddyn, gyda dechrau'r gwaith cloddio yn Asklepieion yn ogystal â'r cloddiadau acropolis, mae nifer y gweithgareddau wedi cynyddu ac roedd angen adeilad amgueddfa newydd.
Mae gan Marshall Fevzi Çakmak, a ddaeth i Bergama ym 1932 ddiddordeb mawr yn y mater ac fe orchmynnodd sefydlu amgueddfa newydd ar ôl ei ymweliad. Ar gyfer yr adeilad newydd y cynlluniwyd ei adeiladu gyda chydweithrediad Twrcaidd - Almaeneg, mae lleoliad heddiw sy'n hen fynwent wedi'i ganfod yn briodol. Cwblhawyd y prosiect a baratowyd gan y penseiri Bruno Meyer a Harold Hanson ar ddiwedd 1932 a chychwynnwyd y gwaith cloddio sylfaen ym 1933 gyda chais ffurfiol gan lywodraethwr İzmir, Kazım Dirik. Mae Mustafa Kemal Atatürk, a ymwelodd ag Asklepieion, a oedd yn ganolfan iechyd, yn ystod ei ymweliad â Bergama ar Ebrill 13eg 1934, wedi gweld bod y gwaith o adeiladu adeilad yr amgueddfa yn parhau.
Agorwyd amgueddfa Bergama, y mae ei hadeiladu wedi'i chwblhau, ar gyfer ymweliad ar Hydref 30, 1936 gan lywodraethwr İzmir, Fazlı Güleç. Roedd adeilad yr amgueddfa yn cynnwys cwrt hirsgwar mawr wedi'i amgylchynu ag orielau, a neuadd arddangos hirsgwar y tu ôl i'r cwrt hwn. Gan fod orielau'r iard yn addas ar gyfer amgueddfa awyr agored, roedd y gwaith yn cael ei arddangos yno. Pan roddwyd Amgueddfa Ethnograffeg ac Archaeoleg ar waith yn adeilad tafarn Bergama ym 1924, aethpwyd â'r gwaith archaeolegol i adeilad newydd yr amgueddfa. Aethpwyd â'r cyfleoedd ethnograffig i mewn i adeilad yr amgueddfa heddiw ym 1979 ar ôl adeiladu'r adeilad ychwanegol. Mae gan yr adeilad ychwanegol gynllun hirsgwar wedi'i osod wrth ochr y rhan y mae'r cwrt a'r neuadd arddangos ynddi, darperir ei fynedfa trwy agoriad drws o'r cwrt i'r neuadd. Mae unedau megis depo, labordy, ystafell ffotograffau, archif wedi'u hychwanegu i ochr arall yr amgueddfa a adawyd yn wag ac i'w rhan gefn.
Mae'r rhan fwyaf o'r gweithgareddau archeolegol yn yr amgueddfa, sy'n perthyn i wahanol gyfnodau o'r cyfnod efydd cynnar i'r Cyfnod Bysantaidd, wedi'u darganfod yn y cloddiadau a wnaed yn Bergama a'r cyffiniau. Ymhlith y darganfyddiadau a ddarganfuwyd yn y preswylfeydd hynafol o gwmpas, mae samplau sy'n perthyn i ysgol gerfluniau Pergfamon, darganfyddiadau Cyfnod Archaic yn dod o Pitane a Gryneion, Myrina terracotta yn tynnu sylw. Yn yr adran ethnograffeg, arddangosir carpedi, cilimau'r rhanbarth (gwehiadau Yuntdağ, Yağcıbedir, Kozak, Bergama), samplau gwehyddu brethyn, gwaith llaw a gwaith llaw arall sy'n perthyn i ranbarthau eraill o Anatolia.
