Ca rezultat al săpăturilor arheologice începute la Bergama în 1878 sub conducerea lui Carl Humman și Alexander Conze, în apropierea Casei de Săpături Germane de astăzi a fost construit un muzeu depozit în timpul săpăturilor făcute în acropole între anii 1900 – 1913. Acest depozit este unul dintre cele două depozite arheologice de opus care existau în Turcia la acea vreme. Săpăturile de la Bergama, care au fost întrerupte din cauza primului război mondial, au fost reluate sub conducerea lui Theodor Wiegand. În același an, odată cu începerea săpăturilor de la Asklepieion pe lângă săpăturile acropolei, numărul opuselor a crescut și a fost nevoie de o nouă clădire muzeală.
Marshall Fevzi Çakmak, care a venit la Bergama în 1932, s-a interesat îndeaproape de această problemă și a ordonat înființarea unui nou muzeu după vizita sa. Pentru noua clădire care a fost planificată să fie construită cu cooperare turco-germană, a fost găsită adecvată locația de astăzi, care este un vechi cimitir. Proiectul care a fost pregătit de arhitecții Bruno Meyer și Harold Hanson a fost finalizat la sfârșitul anului 1932, iar lucrările pentru excavarea bazei au început în 1933 la cererea oficială a guvernatorului İzmir, Kazım Dirik. Mustafa Kemal Atatürk, care a vizitat Asklepieion, care era un centru de sănătate, în timpul vizitei sale la Bergama din 13 aprilie 1934, a văzut că construcția clădirii muzeului continuă.
Muzeul Bergama, a cărui construcție a fost finalizată, a fost deschis pentru vizitare pe 30 octombrie 1936 de către guvernatorul İzmir, Fazlı Güleç. Clădirea muzeului era formată dintr-o curte mare dreptunghiulară înconjurată de galerii și o sală de expoziție dreptunghiulară în spatele acestei curți. Întrucât galeriile din curte erau potrivite pentru muzeu în aer liber, acolo au fost expuse opusele. Când Muzeul de Etnografie și Arheologie a fost pus în funcțiune în clădirea Casei Publice Bergama în 1924, operele arheologice au fost duse în noua clădire a muzeului. Opusele etnografice au fost duse în clădirea muzeului de astăzi în 1979, după construirea clădirii suplimentare. Clădirea suplimentară are plan dreptunghiular amplasată alături de porțiunea, în care există curtea și sala de expoziție, intrarea acesteia se face printr-o ușă care se deschide din curte către hol. Unități precum depozitul, laboratorul, camera de fotografie, arhiva au fost adăugate pe cealaltă parte a muzeului, care a rămas goală și în partea din spate.
Majoritatea operelor arheologice din muzeu, care aparțin diverselor perioade de la epoca timpurie a bronzului până la perioada bizantină, au fost găsite în săpăturile făcute în Bergama și în împrejurimi. Printre descoperirile găsite în reședințele arhaice din jur atrag atenția mostrele aparținând școlii de sculptură Pergfamon, descoperirile din perioada arhaică provenind din Pitane și Gryneion, teracota Myrina. În secțiunea de etnografie sunt expuse covoare, kilim-uri ale regiunii (țesături Yuntdağ, Yağcıbedir, Kozak, Bergama), mostre de țesut de pânză, lucrări de mână și alte opere realizate manual aparținând altor regiuni ale Anatoliei.
