В результате археологических раскопок, начавшихся в Бергаме в 1878 году под руководством Карла Хуммана и Александра Конзе, рядом с нынешним Немецким домом раскопок во время раскопок, проведенных в акрополе в 1900–1913 годах, был построен музей-депо. Это хранилище является одним из двух хранилищ археологических произведений, существовавших в то время в Турции. Раскопки в Бергаме, прерванные из-за Первой мировой войны, были возобновлены под руководством Теодора Виганда. В этом же году с началом раскопок в Асклепионе помимо раскопок акрополя число опусов увеличилось и потребовалось новое здание музея.
Маршал Февзи Чакмак, приехавший в Бергаму в 1932 году, внимательно заинтересовался этим вопросом и после своего визита приказал основать новый музей. Для нового здания, которое планировалось построить при турецко-германском сотрудничестве, было признано подходящим место, где сегодня находится старое кладбище. Проект, подготовленный архитекторами Бруно Мейером и Гарольдом Хансоном, был завершен в конце 1932 года, а работы по раскопкам основания были начаты в 1933 году по официальному запросу губернатора Измира Казыма Дирика. Мустафа Кемаль Ататюрк, посетивший Асклепион, который был медицинским центром, во время своего визита в Бергаму 13 апреля 1934 года, увидел, что строительство здания музея продолжается.
Музей Бергамы, строительство которого уже завершено, был открыт для посещения 30 октября 1936 года губернатором Измира Фазли Гюлечем. Здание музея состояло из большого прямоугольного двора, окруженного галереями, и прямоугольного выставочного зала за этим двором. Поскольку галереи двора подходили под музей под открытым небом, опусы выставлялись именно там. Когда в 1924 году в здании Общественного дома Бергамы был принят в эксплуатацию Музей этнографии и археологии, археологические находки были перенесены в новое здание музея. В нынешнее здание музея этнографические опусы были перенесены в 1979 году после постройки дополнительного здания. Пристройка имеет прямоугольный план и расположена рядом с частью, в которой расположены двор и выставочный зал, вход в нее осуществляется через дверь, выходящую со двора в зал. К другой стороне музея, которая осталась пустой, и к его задней части были добавлены такие помещения, как склад, лаборатория, фотозал, архив.
Большинство археологических экспонатов музея, относящихся к различным периодам от эпохи ранней бронзы до византийского периода, были найдены при раскопках, проведенных в Бергаме и ее окрестностях. Среди находок, найденных в архаических жилищах вокруг, обращают на себя внимание образцы скульптурной школы Пергфамона, находки архаического периода из Питане и Гринейона, терракота Мирины. В разделе этнографии экспонируются ковры, килимы региона (Юнтдаг, Ягджибедир, Козак, Бергамское плетение), образцы ткачества, ручные работы и другие произведения ручной работы, принадлежащие другим регионам Анатолии.
