Kot rezultat arheoloških izkopavanj, ki so se začela v Bergami leta 1878 pod vodstvom Carla Hummana in Alexandra Conzeja, je bil med izkopavanji na akropoli med letoma 1900 in 1913 v bližini današnje Nemške hiše izkopavanj zgrajen depo muzej. Ta depo je eden od dveh depojev arheološkega opusa, ki sta takrat obstajala v Turčiji. Izkopavanja v Bergami, ki so bila prekinjena zaradi 1. svetovne vojne, so se ponovno začela pod vodstvom Theodorja Wieganda. Istega leta se je z začetkom izkopavanj v Asklepieionu poleg izkopavanj akropole število opusov povečalo in bila je potrebna nova muzejska stavba.
Maršal Fevzi Çakmak, ki je prišel v Bergamo leta 1932, se je zelo zanimal za to vprašanje in je po svojem obisku ukazal ustanovitev novega muzeja. Za novogradnjo, ki naj bi jo zgradili s turško-nemškim sodelovanjem, se je zdela primerna današnja lokacija, kjer je staro pokopališče. Projekt, ki sta ga pripravila arhitekta Bruno Meyer in Harold Hanson, je bil dokončan konec leta 1932, dela za izkopavanje baze pa so se začela leta 1933 na uradno zahtevo guvernerja İzmirja, Kazıma Dirika. Mustafa Kemal Atatürk, ki je med obiskom Bergame 13. aprila 1934 obiskal Asklepieion, ki je bil zdravstveni center, je videl, da se gradnja muzejske stavbe nadaljuje.
Muzej Bergama, katerega gradnja je bila končana, je 30. oktobra 1936 odprl za obisk guverner İzmirja, Fazlı Güleç. Muzejsko poslopje je sestavljalo veliko pravokotno dvorišče, obdano z galerijami, za tem dvoriščem pa pravokotna razstavna dvorana. Ker so bile galerije dvorišča primerne za muzej na prostem, so bili opusi tam razstavljeni. Ko je leta 1924 začel delovati Etnografski in arheološki muzej v stavbi javne hiše Bergama, so arheološke opuse prenesli v novo muzejsko stavbo. V današnjo muzejsko stavbo so etnografske opuse prenesli leta 1979 po dozidavi prizidka. Dodatni objekt ima pravokotni tloris, postavljen ob delu, v katerem sta dvorišče in razstavna dvorana, njegov vhod je predviden skozi vrata, ki se odpirajo z dvorišča v dvorano. Enote, kot so depo, laboratorij, fotografska soba, arhiv, so bile dodane na drugi strani muzeja, ki je ostal prazen, in na njegovem zadnjem delu.
Večina arheoloških opusov v muzeju, ki pripadajo različnim obdobjem od zgodnje bronaste dobe do bizantinskega obdobja, je bila najdena v izkopavanjih v Bergami in njeni okolici. Med najdbami, najdenimi v okoliških arhaičnih bivališčih, pozornost pritegnejo vzorci kiparske šole Pergfamon, najdbe arhaičnega obdobja iz Pitane in Gryneiona ter terakota Myrina. V etnografskem oddelku so razstavljene preproge, kilimi regije (tkanje Yuntdağ, Yağcıbedir, Kozak, Bergama), vzorci tkanja blaga, ročna dela in drugi ročno izdelani opusi, ki pripadajo drugim regijam Anatolije.
