Som ett resultat av de arkeologiska utgrävningarna som startade i Bergama 1878 under ledning av Carl Humman och Alexander Conze, har ett depåmuseum byggts nära det tyska utgrävningshuset av idag under utgrävningarna som gjordes i akropolis mellan åren 1900 – 1913. Denna depå är en av de två arkeologiska opusdepåer som fanns i Turkiet vid den tiden. Utgrävningarna i Bergama, som avbröts på grund av 1:a världskriget, återupptogs under ledning av Theodor Wiegand. Samma år, med starten av utgrävningarna i Asklepieion utöver akropolisutgrävningarna, har antalet opus ökat och en ny museibyggnad behövdes.
Marshall Fevzi Çakmak, som kom till Bergama 1932, är mycket intresserad av frågan och beordrade grundandet av ett nytt museum efter sitt besök. För den nya byggnaden som var planerad att byggas med turkiskt-tyskt samarbete har dagens läge, som är en gammal kyrkogård, funnits lämplig. Projektet som förbereddes av arkitekterna Bruno Meyer och Harold Hanson slutfördes i slutet av 1932 och arbetena för basutgrävning påbörjades 1933 på en formell begäran från guvernören i Izmir, Kazım Dirik. Mustafa Kemal Atatürk, som besökte Asklepieion, som var en vårdcentral, under sitt besök i Bergama den 13 april 1934, har sett att bygget av museibyggnaden fortsatte.
Bergama-museet, vars konstruktion har slutförts, öppnades för besök den 30 oktober 1936 av guvernören i İzmir, Fazlı Güleç. Museibyggnaden bestod av en stor rektangulär innergård omgiven av gallerier och en rektangulär utställningshall bakom denna innergård. Eftersom gallerierna på gården lämpade sig för friluftsmuseum, ställdes opusen ut där. När Etnografi- och arkeologiska museet togs i drift i Bergamas offentliga hus 1924 togs de arkeologiska opusen till den nya museibyggnaden. De etnografiska opusen togs in i dagens museibyggnad 1979 efter uppförandet av tilläggsbyggnaden. Tilläggsbyggnaden har en rektangulär plan placerad bredvid den del, i vilken innergård och utställningshall finns, dess ingång sker via en dörröppning från innergården till hallen. Enheter som depå, laboratorium, fotorum, arkiv har lagts till på andra sidan av museet som lämnats tomt och till dess bakre del.
De flesta av de arkeologiska opusen i museet, som tillhör olika perioder från tidig brons era till den bysantinska perioden, har hittats i de utgrävningar som gjorts i Bergama och dess omgivningar. Bland fynden som hittats i de arkaiska bostäderna runt omkring uppmärksammas prover som tillhör Pergfamon skulpturskola, arkaiska fynd från Pitane och Gryneion, Myrina terracotta. I den etnografiska delen visas mattor, kelimer i regionen (Yuntdağ, Yağcıbedir, Kozak, Bergama), vävprover, handverk och andra handgjorda opus som tillhör andra regioner i Anatolien
