Die Vielfalt der Fauna in der Türkei ist sogar noch größer als die der Wildpflanzen. Während die Artenzahl in ganz Europa bei etwa 60,000 liegt, sind es in der Türkei über 80,000. Werden auch Unterarten gezählt, dann steigt diese Zahl auf über hunderttausend.
Wie bei den Pflanzen ist auch Anatolien die ursprüngliche Heimat mehrerer Arten. Beispielsweise wurde der heute in Europa verbreitete Damhirsch im 17. Jahrhundert aus der Türkei eingeführt. Diese Art stammt aus den Ausläufern des Taurusgebirges zwischen Antalya und Adana. Ein weiteres Beispiel ist der Fasan, der aus Samsun an der Schwarzmeerküste der Türkei stammt. Der wissenschaftliche Name dieses schönen Vogels ist Phasianus colchicus, wobei „Phasianus“ der alte Name für den Kizilirmak-Fluss ist und „Colchicus“ von Colhia abgeleitet ist, einem alten Königreich, das sich entlang der Schwarzmeerküste bis zum Kaukasus erstreckte. Das Hausschaf ist ein Nachkomme des Wildschafs Ovis musimon anatolica, das, wie der wissenschaftliche Name schon sagt, in Anatolien heimisch war. Nur wenige Menschen wissen, dass der Anatolienleopard eine der größten dieser anmutigen Katzen ist und dass es sich um die Art handelte, die von den Römern in Gladiatorenkämpfen verwendet wurde und als Fallen für diese Kreaturen gebaut wurde. Sie kann immer noch verstreut im Taurusgebirge gesehen werden und ist bekannt lokal als Tigerfallen. Tatsächlich ist der Tiger ein weiteres Lebewesen, dessen ursprüngliche Heimat Anatolien war, eine wenig bekannte Tatsache, die sich im Namen Tiger selbst widerspiegelt, der vom lateinischen Namen Felis Tigris oder Tigriskatze nach dem Fluss Tigris stammt. Die Löwen, die heute nur noch in hethitischen Statuen überleben, waren einst ein weiteres Mitglied der anatolischen Fauna.
Vögel nutzen seit Jahrtausenden die strategische Lage der Türkei als Brücke, die Europa mit Asien und Afrika verbindet. Zwei der vier Hauptmigrationsrouten in der biogeografischen Region sind das Jahr, im Frühling und Herbst. Im Frühling fliegen Zugvögel von Afrika nach Norden nach Asien und Europa und im Herbst verlassen sie ihre Brutgebiete, um wieder nach Süden nach Afrika zu fliegen. Eine dieser Migrationsrouten führt südlich von Hopa im Nordosten der Türkei entlang des Çoruh-Flusstals nach Ostanatolien und durch Kahramanmaras und Antakya im Südosten der Türkei. Die meisten Vögel, die diese Route durch das Tal des Flusses Çoruh nehmen, sind Greifvögel und gehören mit etwa 250,000 zur größten Zugvogelgruppe der Welt. Die spektakulärste Migration der Welt ist jedoch der Flug der Störche über den Bosporus in Istanbul im Frühjahr und Herbst. Über eine Viertelmillion Störche fliegen innerhalb weniger Wochen in Wolken über der Stadt. Einige Greifvogelarten ziehen auch entlang des Bosporus, einer Wasserstraße, die nicht nur eine Zugroute für Vögel, sondern auch für Fische ist, die zwischen dem Schwarzen Meer und dem Marmarameer wandern. Es ist dieses Phänomen, das zu ungewöhnlich hohen Fängen führt und sowohl die Fischer als auch ihre Kunden erfreut.
Obwohl die Türkei ein uraltes Land ist, das seit Jahrtausenden von einer Reihe von Völkern durchzogen, ausgebeutet und begehrt wird, gibt es immer noch viele Gebiete, die praktisch unberührt geblieben sind, was den Erhalt vieler seltener Tierarten ermöglicht, die anderswo gefährdet oder ausgestorben sind lebensfähige Kolonien hier. Die Ägäis- und Mittelmeerküste der Türkei bietet Zufluchtsort für Mönchsrobben und Unechte Karettschildkröten, während in den Feuchtgebieten Kolonien zahlreicher gefährdeter Arten wie Krauskopfpelikan, Zwergkormoran und Großer Brachvogel sowie Flamingos, Wildenten und Gänse leben.
Unter der Schirmherrschaft des Umweltministeriums läuft derzeit ein Programm zur Projektierung der letzten überlebenden Mönchsrobbenkolonien entlang der Mittelmeer- und Ägäisküste der Türkei. Darüber hinaus wird ein internationales Projekt im Rahmen der Berner und Barcelona-Konventionen durchgeführt. Abgesehen von einer kleinen Kolonie von Mönchsrobben an den Küsten der Westsahara am Atlantischen Ozean sind die einzigen verbliebenen Kolonien dieser Art das östliche Mittelmeer, da die Art in den westlichen Gebieten ausgerottet wurde. Dass die Art an den Küsten der Türkei überlebt hat, ist auf die Erhaltung der natürlichen Umwelt in vielen Gebieten und die geringe Verschmutzung zurückzuführen. Ein weiterer Beweis dafür, dass der Umweltschutz an der türkischen Küste erfolgreich ist, ist das Fortbestehen von Kiefernwäldern und langen, unberührten Stränden trotz umfangreicher Bauarbeiten in den letzten Jahren. Im Marmarameer und im Schwarzen Meer kommen Robben in geringerem Maße vor, am häufigsten sind sie jedoch in der Gegend von Foça in der Nähe von Izmir an der Ägäisküste anzutreffen, einer Stadt, deren Name vom alten phönizischen Wort für Robbe abgeleitet ist. In der Stadt wurde ein lokales Robbenkomitee gegründet, gefolgt von einem weiteren in Yalikavak in der Nähe von Bodrum weiter südlich.
Die Gesamtzahl der Mönchsrobben auf der Welt liegt zwischen 300 und 400, fünfzig davon leben in türkischen Gewässern.
Zu den weiteren gefährdeten Arten gehören Schildkröten, die ihre Eier an den langen Sandstränden des Mittelmeers ablegen. Zwei Arten brüten in der Türkei, wo die Bemühungen zu ihrem Schutz äußerst erfolgreich waren. Ein Tourismusentwicklungsprojekt in Köycegiz wurde aufgegeben, um die Brutstätten der Caretta Caretta zu erhalten, und der See und die Sümpfe von Köycegiz wurden zum besonders geschützten Gebiet erklärt. Diese Maßnahmen wurden vom Ständigen Ausschuss der Berner Konvention des Europarats im Jahr 1989 mit stehenden Ovationen aufgenommen und als Beispiel für andere Länder angeführt. An allen Küsten der Türkei wurden Untersuchungen zu den Schildkröten eingeleitet, und siebzehn Sandstrände, die als Brutstätten für Schildkröten von größter Bedeutung sind, werden vom Turtle Preservation Committee ständig beobachtet. Die Behörde für besonders geschützte Gebiete des Umweltministeriums ist für den Schutz des Belek-Gebiets zuständig, und das Forstministerium ist für die Feuchtgebiete Yumurtalik und Akyatan zuständig.
