Η ποικιλία της πανίδας στην Τουρκία είναι ακόμη μεγαλύτερη από αυτή των άγριων φυτών. Ενώ ο αριθμός των ειδών σε ολόκληρη την Ευρώπη είναι περίπου 60,000, στην Τουρκία ξεπερνούν τα 80,000. Εάν μετρηθούν και υποείδη, τότε αυτός ο αριθμός αυξάνεται σε πάνω από εκατό χιλιάδες.
Όπως και στην περίπτωση των φυτών, η Ανατολία είναι η αρχική πατρίδα πολλών ειδών. Για παράδειγμα, το ελάφι αγρανάπαυσης που συνηθίζεται τώρα στην Ευρώπη εισήχθη από την Τουρκία τον 17ο αιώνα. Αυτό το είδος προέρχεται από τους πρόποδες των βουνών του Ταύρου μεταξύ Αττάλειας και Άδανα. Ένα άλλο παράδειγμα είναι ο φασιανός που προέρχεται από τη Σαμψούντα στην ακτή της Μαύρης Θάλασσας της Τουρκίας. Το επιστημονικό όνομα αυτού του όμορφου πουλιού είναι Phasianus colchicus, «Phasianus» που είναι το αρχαίο όνομα του ποταμού Kizilirmak και «colchicus» που προέρχεται από την Colhia, ένα αρχαίο βασίλειο που εκτείνεται κατά μήκος της ακτής της Μαύρης Θάλασσας μέχρι τον Καύκασο. Το οικόσιτο πρόβατο είναι απόγονος του άγριου προβάτου, Ovis musimon anatolica, το οποίο όπως υποδηλώνει το επιστημονικό όνομα ήταν ιθαγενές της Ανατολίας. Λίγοι άνθρωποι γνωρίζουν ότι η λεοπάρδαλη της Ανατολίας είναι μια από τις μεγαλύτερες από αυτές τις χαριτωμένες γάτες και ότι ήταν το είδος που χρησιμοποιήθηκε σε αγώνες μονομάχων από τους Ρωμαίους, οι οποίες κατασκευάστηκαν ως παγίδες για αυτά τα πλάσματα, μπορούν ακόμα να φανούν διασκορπισμένες στα βουνά του Ταύρου και είναι γνωστά τοπικά ως παγίδες τίγρης. Πράγματι, η τίγρη είναι ένα άλλο πλάσμα του οποίου η αρχική πατρίδα ήταν η Ανατολία, ένα ελάχιστα γνωστό γεγονός που αντικατοπτρίζεται στο ίδιο το όνομα τίγρη, το οποίο προέρχεται από το λατινικό όνομα Felis Tigris, ή γάτα Tigris μετά τον ποταμό Τίγρη. Τα λιοντάρια που σώζονται μόνο στα αγάλματα των Χετταίων σήμερα ήταν άλλοτε ένα μέλος της πανίδας της Ανατολίας.
Τα πουλιά έχουν εκμεταλλευτεί τη στρατηγική θέση της Τουρκίας ως γέφυρα που συνδέει την Ευρώπη με την Ασία και την Αφρική εδώ και χιλιάδες χρόνια. Δύο από τις τέσσερις κύριες οδούς μετανάστευσης στη βιογεωγραφική περιοχή που είναι γνωστή ως έτος, την άνοιξη και το φθινόπωρο. Την άνοιξη τα αποδημητικά πουλιά πετούν προς τα βόρεια από την Αφρική προς την Ασία και την Ευρώπη και το φθινόπωρο αφήνουν τις περιοχές αναπαραγωγής τους για να πετάξουν και πάλι νότια στην Αφρική. Μία από αυτές τις οδούς μετανάστευσης οδηγεί νότια από τη Χόπα στη βορειοανατολική Τουρκία κατά μήκος της κοιλάδας του ποταμού Çoruh στην Ανατολική Ανατολία, περνώντας από το Kahramanmaras και την Antakya στη Νοτιοανατολική Τουρκία. Τα περισσότερα από τα πουλιά που ακολουθούν αυτή τη διαδρομή μέσω της κοιλάδας του ποταμού Çoruh είναι αρπακτικά πουλιά και περίπου 250,000 είναι από τη μεγαλύτερη αποδημητική ομάδα αρπακτικών πτηνών στον κόσμο. Ωστόσο, η πιο εντυπωσιακή μετανάστευση στον κόσμο είναι το πέταγμα των πελαργών στον Βόσπορο στην Κωνσταντινούπολη την άνοιξη και το φθινόπωρο. Πάνω από ένα τέταρτο εκατομμύριο πελαργοί πετούν σε σύννεφα πάνω από την πόλη μέσα σε λίγες εβδομάδες. Ορισμένα είδη αρπακτικών πτηνών μεταναστεύουν επίσης κατά μήκος του Βοσπόρου, μιας πλωτής οδού που δεν είναι μόνο μεταναστευτική οδός για τα πουλιά αλλά και για τα ψάρια που διασχίζουν τη Μαύρη Θάλασσα και τη Θάλασσα του Μαρμαρά. Αυτό είναι το φαινόμενο που έχει ως αποτέλεσμα ασυνήθιστα υψηλά αλιεύματα, ευχαριστώντας τους ψαράδες και τους πελάτες τους.
Παρά το γεγονός ότι η Τουρκία είναι μια αρχαία γη, που διασχίζεται, εκμεταλλεύεται και αναζητείται από μια σειρά λαών για χιλιετίες, υπάρχουν ακόμη πολλές περιοχές που έχουν παραμείνει σχεδόν ανέγγιχτες, επιτρέποντας σε πολλά σπάνια είδη άγριας ζωής που έχουν απειληθεί ή εξαφανιστεί αλλού να διατηρηθούν βιώσιμες αποικίες εδώ. Οι ακτές του Αιγαίου και της Μεσογείου της Τουρκίας αποτελούν καταφύγιο για φώκιες μοναχές και χελώνες καρέτα καρέτα, ενώ οι υγρότοποι φιλοξενούν αποικίες πολλών ειδών που απειλούνται με εξαφάνιση, όπως ο πελεκάνος, ο πυγμαίος κορμοράνος και ο λεπτός κορμοράνος, καθώς και φλαμίνγκο, αγριόπαπιες και.
Υπό την αιγίδα του Υπουργείου Περιβάλλοντος βρίσκεται σε εξέλιξη πρόγραμμα προβολής των τελευταίων σωζόμενων αποικιών φώκιας κατά μήκος της Μεσογείου και των ακτών του Αιγαίου της Τουρκίας και επιπλέον διεξάγεται διεθνές έργο στο πλαίσιο των συμβάσεων της Βέρνης και της Βαρκελώνης. Εκτός από μια μικρή αποικία φώκιας μοναχών στις ακτές της Δυτικής Σαχάρας στον Ατλαντικό Ωκεανό, οι μόνες αποικίες αυτού του είδους που απομένουν είναι η ανατολική Μεσόγειος, το είδος έχει εξαφανιστεί στις δυτικές περιοχές. Το γεγονός ότι το είδος έχει επιβιώσει κατά μήκος των ακτών της Τουρκίας οφείλεται στη διατήρηση του φυσικού περιβάλλοντος σε πολλές περιοχές και στα χαμηλά επίπεδα ρύπανσης. Περαιτέρω απόδειξη ότι η διατήρηση του περιβάλλοντος κατά μήκος των ακτών της Τουρκίας είναι επιτυχής είναι η συνεχιζόμενη ύπαρξη πευκοδάσους και μακρών άθικτες παραλίες παρά τις εκτεταμένες κατασκευές τα τελευταία χρόνια. Οι φώκιες παρατηρούνται σε μικρότερο βαθμό στον Μαρμαρά και τη Μαύρη Θάλασσα, αλλά είναι πιο κοινές γύρω από τη Φότσα, κοντά στη Σμύρνη, στις ακτές του Αιγαίου, μια πόλη της οποίας το όνομα προέρχεται από την αρχαία φοινικική φώκια. Μια τοπική Επιτροπή Φώκιας έχει συσταθεί στην πόλη, ακολουθούμενη από μια άλλη στο Yalikavak κοντά στο Bodrum νοτιότερα.
Ο συνολικός αριθμός των φωκών μοναχών στον κόσμο είναι μεταξύ 300-400, πενήντα από τις οποίες ζουν στα τουρκικά ύδατα.
Άλλα είδη που απειλούνται με εξαφάνιση περιλαμβάνουν τις χελώνες που γεννούν τα αυγά τους στις μεγάλες αμμώδεις παραλίες της Μεσογείου. Δύο είδη αναπαράγονται στην Τουρκία, όπου οι προσπάθειες για την προστασία τους ήταν εξαιρετικά επιτυχημένες. Ένα έργο τουριστικής ανάπτυξης στο Köycegiz καταργήθηκε για να διατηρηθούν οι περιοχές αναπαραγωγής της Caretta Caretta και η λίμνη και τα έλη του Köycegiz κηρύχθηκαν Ειδικά Προστατευόμενη Περιοχή. Αυτά τα μέτρα έγιναν δεκτά με χειροκροτήματα από τη Μόνιμη Επιτροπή της Σύμβασης της Βέρνης του Συμβουλίου της Ευρώπης το 1989 και αναφέρθηκαν ως παράδειγμα προς μίμηση για άλλες χώρες. Έχουν ξεκινήσει μελέτες για τις χελώνες σε όλες τις ακτές της Τουρκίας και δεκαεπτά παραλίες με άμμο πρωταρχικής σημασίας ως τόποι αναπαραγωγής χελωνών βρίσκονται υπό συνεχή παρακολούθηση από την Επιτροπή Προστασίας Χελωνών. Η Αρχή Ειδικά Προστατευόμενων Περιοχών του Υπουργείου Περιβάλλοντος είναι αρμόδια για την προστασία της περιοχής Μπέλεκ και το Υπουργείο Δασών είναι υπεύθυνο για τους υγροτόπους Yumurtalik και Akyatan.
