La diversità della fauna in Turchia è addirittura maggiore di quella delle piante selvatiche. Mentre in tutta Europa il numero delle specie ammonta a circa 60,000, in Turchia se ne contano oltre 80,000. Se si contano anche le sottospecie, il numero sale a oltre centomila.
Come nel caso delle piante, l'Anatolia è la patria originaria di numerose specie. Ad esempio, il daino ora comune in Europa fu introdotto dalla Turchia nel XVII secolo. Questa specie proviene dalle pendici delle montagne del Tauro tra Antalya e Adana. Un altro esempio è il fagiano che proviene da Samsun, sulla costa turca del Mar Nero. Il nome scientifico di questo bellissimo uccello è Phasianus colchicus, “Phasianus” è l'antico nome del fiume Kizilirmak, e “colchicus” deriva da Colhia, un antico regno che si estendeva lungo la costa del Mar Nero fino al Caucaso. La pecora domestica è una discendente della pecora selvatica, Ovis musimon anatolica, che come indica il nome scientifico era originaria dell'Anatolia. Poche persone sanno che il leopardo dell'Anatolia è uno dei più grandi tra questi graziosi felini, e che era la specie usata nei combattimenti dei gladiatori dai romani, che costruirono come trappole per queste creature che si possono ancora vedere sparse sui monti del Tauro, e sono conosciute localmente come trappole per tigri. In effetti, la tigre è un'altra creatura la cui patria originaria era l'Anatolia, un fatto poco noto riflesso nel nome stesso tigre, che deriva dal nome latino Felis Tigris, o gatto Tigri dal fiume Tigri. I leoni che sopravvivono oggi solo nelle statue ittite erano un tempo un altro membro della fauna anatolica.
Per migliaia di anni gli uccelli hanno approfittato della posizione strategica della Turchia come ponte che collega l'Europa all'Asia e all'Africa. Due delle quattro principali rotte migratorie nella regione biogeografica conosciuta come l'anno, in primavera e autunno. In primavera gli uccelli migratori volano verso nord dall'Africa verso l'Asia e l'Europa, e in autunno lasciano i loro luoghi di riproduzione per volare nuovamente a sud verso l'Africa. Una di queste rotte migratorie conduce a sud da Hopa, nel nord-est della Turchia, lungo la valle del fiume Çoruh nell'Anatolia orientale, passando per Kahramanmaras e Antakya nel sud-est della Turchia. La maggior parte degli uccelli che percorrono questo percorso attraverso la valle del fiume Çoruh sono rapaci e, circa 250,000, appartengono al più grande gruppo migratorio di rapaci del mondo. Tuttavia, la migrazione più spettacolare del mondo è il volo delle cicogne lungo il Bosforo a Istanbul in primavera e autunno. Nel giro di poche settimane oltre un quarto di milione di cicogne volano tra le nuvole sopra la città. Alcune specie di rapaci migrano anche lungo il Bosforo, un corso d'acqua che non è solo una via migratoria per gli uccelli ma anche per i pesci che si dirigono tra il Mar Nero e il Mar di Marmara. È questo fenomeno che si traduce in catture insolitamente elevate, che deliziano sia i pescatori che i loro clienti.
Nonostante la Turchia sia una terra antichissima, attraversata, sfruttata e ricercata da millenni da popoli che si sono succeduti, esistono ancora molte aree rimaste praticamente intatte, che permettono a molte specie rare di fauna selvatica, altrove in pericolo o estinte, di sopravvivere. colonie vitali qui. Le coste turche dell'Egeo e del Mediterraneo offrono rifugio alla foca monaca e alle tartarughe caretta, mentre le zone umide ospitano colonie di numerose specie in via di estinzione, come il pellicano dalmata, il cormorano pigmeo e il chiurlo, oltre a fenicotteri, anatre selvatiche e oche.
Sotto gli auspici del Ministero dell'Ambiente è in corso un programma per proiettare le ultime colonie sopravvissute di foca monaca lungo le coste turche del Mediterraneo e dell'Egeo, inoltre viene portato avanti un progetto internazionale nel quadro delle convenzioni di Berna e Barcellona. A parte una piccola colonia di foca monaca sulle rive del Sahara occidentale, sull'Oceano Atlantico, le uniche colonie rimaste di questa specie sono il Mediterraneo orientale, poiché la specie è stata sterminata nelle zone occidentali. Il fatto che la specie sia sopravvissuta lungo le coste della Turchia è dovuto alla preservazione dell'ambiente naturale in molte aree e ai bassi livelli di inquinamento. Un'ulteriore prova del fatto che la conservazione dell'ambiente lungo la costa turca sta avendo successo è la continua esistenza di pinete e lunghe spiagge incontaminate nonostante le estese costruzioni realizzate negli ultimi anni. Le foche si vedono in misura minore nella Marmara e nel Mar Nero, ma sono più comuni intorno a Foça, vicino a Izmir, sulla costa dell'Egeo, una città il cui nome deriva dall'antico fenicio "foca". Un comitato locale per la produzione della birra è stato istituito in città, seguito da un altro a Yalikavak, vicino a Bodrum, più a sud.
Il numero totale di foche monache nel mondo è compreso tra 300 e 400, cinquanta delle quali vivono nelle acque turche.
Altre specie in via di estinzione includono le tartarughe che depongono le uova nelle lunghe spiagge sabbiose del Mediterraneo. Due specie si riproducono in Turchia, dove gli sforzi per proteggerle hanno avuto estremamente successo. Un progetto di sviluppo turistico a Köycegiz è stato abbandonato per preservare i terreni di riproduzione della Caretta Caretta, e il lago e le paludi di Köycegiz sono stati dichiarati Area Specialmente Protetta. Queste misure furono accolte con una standing ovation dal Comitato permanente della Convenzione di Berna del Consiglio d'Europa nel 1989 e citate come esempio da seguire per altri paesi. Sono stati avviati studi sulle tartarughe lungo tutte le coste della Turchia e diciassette spiagge sabbiose di primaria importanza come terreni di riproduzione per le tartarughe sono tenute sotto costante osservazione dal Comitato per la Preservazione delle Tartarughe. L'Autorità per le aree particolarmente protette del Ministero dell'Ambiente è responsabile della protezione dell'area di Belek, mentre il Ministero delle Foreste è responsabile delle zone umide di Yumurtalik e Akyatan.
